O Programa de Pós-Graduação em Modelagem Computacional tem sua origem nos trabalhos de pesquisa e desenvolvimento realizados no Núcleo de Pesquisa em Métodos Computacionais em Engenharia (NUMEC – Faculdade de Engenharia / UFJF) e no Departamento de Ciência da Computação (DCC – Instituto de Ciências Exatas / UFJF). Estes trabalhos, tratando problemas de diferentes naturezas, têm em comum a utilização de técnicas de modelagem computacional, o que motivou uma parceria para a proposição de um curso de pós-graduação multidisciplinar explorando estas técnicas.
Desde sua formulação a proposta deste curso conta também com o apoio do Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC), através de uma parceria institucional. A proposta do curso foi aprovada pela CAPES em setembro de 2005 e o Mestrado em Modelagem Computacional iniciou suas atividades letivas em março de 2006.