Índios Puris Coroados povoavam a nossa região e, a partir de um rico e detalhado conhecimento, manejaram, ao largo de muitos anos, a diversidade vegetal presente na bacia do Rio Paraibuna, domesticando plantas e paisagens. Como resultado da íntima relação com o ambiente, estes grupos alteraram drasticamente a estrutura e o funcionamento deste ecossistema e, dessa forma, deixaram-nos um legado precioso: a Mata Atlântica que hoje compõe o nosso Jardim Botânico.
No ano de 1713, houve a formação do arraial de Santo Antônio do Paraibuna, posteriormente Juiz de Fora, derivado da criação do Caminho Novo em 1707. O ciclo do café alcança a Zona da Mata Mineira na década de 1840 e torna a cidade de Juiz de Fora um centro do Império. Contudo, o maior legado para o Jardim Botânico nos foi oferecido pela presença dos negros e negras escravizados, que trouxeram novos sentidos, olhares e conhecimentos sobre a biodiversidade local. Trouxeram da África uma nova diversidade vegetal útil, como quiabo, dendê, e novas formas de manejo da paisagem, contribuindo para a sua domesticação. Também trouxeram suas crenças que, como nas nações indígenas, têm na natureza o seu sagrado.
Em 1850, a intensa imigração traz diversas famílias sírio-libanesas, italianas, portuguesas e alemãs, que tanto influenciaram a formação da cidade. O Senhor Detlef Krambeck (1850, Alemanha – 1912, Juiz de Fora), patriarca da família Krambeck que se radica em Juiz de Fora em 1872, atuando inicialmente como segeiro (fabricante de carruagens para o transporte por diligências) e posteriormente se estabelecendo na área de curtume de couros e peles. Em diferentes momentos históricos, para atender às suas demandas, a Família Krambeck adquire três propriedades rurais desmembrada da antiga Fazenda da Tapera, o “Retiro Novo”, “Retiro Velho” e “Sítio Malícia”. Estas três propriedades em conjunto formam a tão conhecida “Mata do Krambeck”. O “Sítio Malícia”, que tornaria-se o Jardim Botânico, foi, na época de sua compra, em 1938, objeto de um loteamento popular denominado Vila Santo Antônio, com 383 lotes residenciais. Pedro Krambeck, descendente do patriarca, desativa o loteamento, recompra os lotes já vendidos e dois anos depois constrói no local sua residência, efetuando obras de paisagismo com lagos artificiais, alamedas de araucárias, cedros e paineiras, jardins e pomares.
No ano de 1992 a Lei Estadual 10.943, de 27 de novembro, cria a Área de Proteção Ambiental (APA) Mata do Krambeck, abrangida pelos terrenos originários das antigas fazendas Retiro Novo e Retiro Velho e do Sítio Malícia, num total aproximado de 374 hectares. A Lei Estadual 11.336, de 21 de dezembro de 1993, exclui o Sítio Malícia da APA Mata do Krambeck. Neste tempo, grupo de empresários compra a área do Sítio Malícia e, em 2003, inicia processo de licenciamento ambiental para construção de um condomínio luxuoso no local. O negócio enfrenta a oposição de organizações civis, públicas e não-governamentais, e é debatido por órgãos ambientalistas e pela sociedade em audiências públicas realizadas nos anos seguintes. O movimento luta pelo embargo do projeto, pela desapropriação da área e sua transformação em unidade de conservação, como parque, reserva biológica, estação ecológica ou jardim botânico.
Durante audiência pública em 2007, a Universidade Federal de Juiz de Fora anuncia interesse em adquirir a área em questão para nela construir um Jardim Botânico. Em agosto de 2009, assina protocolo de intenção de compra da área de 82 hectares do Sítio Malícia. Em março de 2010 é assinada a escritura de compra do terreno pela UFJF, dando-se início ao projeto de implantação do Jardim Botânico em um dos últimos refúgios da Mata Atlântica. Com a área fechada à visitação, foram realizadas pesquisas, ações extensionistas e visitas pontuais. A Casa-Sede passou por reformas e foram erguidos o Centro de Pesquisa, o Laboratório Casa Sustentável, o Centro de Educação Ambiental e a sede administrativa.
Concebido como um espaço coletivo de Extensão Universitária aberto à sociedade, o Jardim Botânico da Universidade Federal de Juiz de Fora representa diversos processos de ocupação cultural, política e econômica da região. Historicamente é fruto das ações indígenas, negras e europeias sobre a sociobiodiversidade. Também representa a luta social pela conservação da biodiversidade e o seu uso público. Somada à sua importância ecológica, o Jardim Botânico é hoje presente na cidade de Juiz de Fora.