O Plano de Desenvolvimento Institucional (PDI) da UFJF é o principal instrumento de planejamento estratégico da instituição. Além de exprimir a missão da instituição e os princípios que amparam suas práticas, o PDI estabelece amplas diretrizes que nortearão todas as ações da UFJF. Em vigor por um período de cinco anos, nele estão traçados os objetivos e metas que devem ser alcançados pelas diversas unidades acadêmicas e setores administrativos. A cada ciclo, é elaborado um novo documento que conta com a participação de toda a comunidade universitária que contribui com os debates e com a definição dos objetivos e das ações estratégicas em sua formulação.

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