A Diretoria de Controle Institucional é o órgão responsável por instaurar, conduzir ou supervisionar procedimentos investigativos e disciplinares (PADs) e processo de Tomada de Contas Especial, gerenciar o fluxo de comunicação com os órgãos de controle (incluindo a gestão dos sistemas da CGU e TCU-CONECTA) e assessorar ao Comitê de Governança, Riscos e Controles (CGRC) da Universidade Federal de Juiz de Fora.