Este tipo de instrumento jurídico caracteriza-se por ser um passo mais avançado no processo de formalização de parcerias, além de ser juridicamente vinculante e descrever atividades concretas de cooperação. Devido a isto, por meio de sua celebração, há assunção de obrigações pelas partes. Trata-se de um instrumento que demanda mais tempo de negociação para ser firmado, por sua maior complexidade e formalidade, tramitando por todos os setores pertinentes da Reitoria e Unidades acadêmicas até sua assinatura.
Muito utilizado para promover o intercâmbio de docentes, discentes e técnicos-administrativos e projetos de pesquisa conjuntos, o Acordo de Cooperação deve minimamente apresentar as partes, atividades e áreas envolvidas na parceria de forma detalhada, nomear coordenadores locais que supervisionarão a execução das atividades, além de cláusulas de vigência, denúncia e de solução de controvérsias.