Há também decretos embasam a atuação da Auditoria Interna da Universidade Federal de Juiz de Fora. Alguns dos principais são:
- Decreto-Lei 200/67 (abre em nova janela)
Dispõe sobre a organização da Administração Federal, estabelece diretrizes para a Reforma Administrativa e dá outras providências.
- Decreto 3591/00 (abre em nova janela)
Dispõe sobre o Sistema de Controle Interno do Poder Executivo Federal e dá outras providências.