O curso de Mestrado em Economia Aplicada-CMEA, foi aprovado pela Capes em 2005. O primeiro processo seletivo ocorreu no final do ano de 2005. Este processo foi local e selecionou dez candidatos. A partir do ano de 2006, o processo seletivo do Curso de Mestrado em Economia Aplicada passou a ser realizado pela Associação Nacional de Cursos de Pós-Graduação em Economia – ANPEC.
Na avaliação triental de 2007-2009, o Curso de Mestrado recebeu a nota 4 da CAPES. Em dezembro de 2010, na 123ª reunião do CTC CAPES, foi aprovada a criação do Curso de Doutorado em Economia da UFJF. Assim, a partir de 2011, os cursos de Mestrado e Doutorado passaram a constituir o Programa de Pós-Graduação em Economia da Faculdade de Economia da Universidade Federal de Juiz de Fora.