O início do processo é feito pela Comissão Gestora que também é responsável por: estabelecer as orientações gerais; acompanhar o processo de elaboração e prestar contas periódicas ao Conselho Universitário (Consu); convocar, segundo seu julgamento e a qualquer tempo, a Comissão Gestora; deliberar sobre o formato final do PDI, avaliando-o de acordo com a legislação pertinente; encaminhar a proposta final ao Consu para deliberação.
A Comissão Executiva tem o papel de implementar e coordenar o processo de elaboração do PDI; organizar a estratégia de comunicação; auxiliar os Grupos de Trabalho e as Comissões com relação à metodologia e elementos do PDI; organizar e convocar as audiências públicas previstas; sistematizar as propostas oriundas dos Grupos de Trabalho e Comissões, levando-as às audiências públicas e articulando-as para composição sistêmica do relatório-base do PDI; propor a redação final à Comissão Gestora; convidar, a qualquer tempo, apoio técnico aos seus trabalhos; organizar os dados referentes à Comissão.
A Comissão Coordenadora dos eixos temáticos cumpre as seguintes funções: organiza inicialmente a formação dos Grupos de Trabalho; sistematiza propostas vindas dos grupos em formato a ser encaminhado à Comissão Executiva; acompanha o trabalho dos grupos e subgrupos; comunica à Comissão Executiva quaisquer problemas no andamento dos trabalhos.
Os Grupos de Trabalho devem auxiliar e estimular a formação dos grupos de trabalho setoriais (subgrupos); acompanhar os subgrupos de trabalho; organizar e convocar a série de reuniões setoriais abertas e previstas, onde se consolidam, são discutidas e até, se assim for o caso, deliberadas propostas para o encaminhamento às Audiências Públicas; sistematizar a matriz SWOT e propostas dos subgrupos dentro dos eixos determinados e encaminhá-las à Comissão Executiva; organizar os dados referentes aos grupos.
Os Subgrupos de Trabalho, por sua vez, atuam como núcleo gerador de propostas, com participação aberta aos interessados de unidades acadêmicas e administrativas – em nível de organização nos grupos e em participação direta nos subgrupos; em sua área e sob acompanhamento dos grupos de trabalho, elaboram matriz SWOT, objetivos, metas, indicadores, perspectivas futuras e afins visando a composição do PDI. A coordenação dos subgrupos será definida pelo próprio grupamento. Cada setor acadêmico ou administrativo tem autonomia para definir sua agenda de trabalho, limitada apenas pelo cronograma apresentado.