O início do processo é feito pela Comissão Gestora que também é responsável por: estabelecer as orientações gerais; acompanhar o processo de elaboração e prestar contas periódicas ao Conselho Universitário (Consu); convocar, segundo seu julgamento e a qualquer tempo, a Comissão Gestora; deliberar sobre o formato final do PDI, avaliando-o de acordo com a legislação pertinente; encaminhar a proposta final ao Consu para deliberação.
A Comissão Executiva tem o papel de implementar e coordenar o processo de elaboração do PDI; organizar a estratégia de comunicação; auxiliar os Grupos de Trabalho e as Comissões com relação à metodologia e elementos do PDI; organizar e convocar as audiências públicas previstas; sistematizar as propostas oriundas dos Grupos de Trabalho e Comissões, levando-as às audiências públicas e articulando-as para composição sistêmica do relatório-base do PDI; propor a redação final à Comissão Gestora; convidar, a qualquer tempo, apoio técnico aos seus trabalhos; organizar os dados referentes à Comissão.
A Comissão Coordenadora dos eixos temáticos cumpre as seguintes funções: organiza inicialmente a formação dos Grupos de Trabalho; sistematiza propostas vindas dos grupos em formato a ser encaminhado à Comissão Executiva; acompanha o trabalho dos grupos e subgrupos; comunica à Comissão Executiva quaisquer problemas no andamento dos trabalhos.
Constituição das Comissões:
- Comissão Gestora: reitor (presidente); pró-reitor de Planejamento e Orçamento; representantes do Consu (2); técnico-administrativo (1) e estudante (1).
- Comissão Executiva: pró-reitor de Planejamento e Orçamento (presidente); pró-reitor de Infraestrutura e Gestão; secretário geral; diretor de Imagem Institucional; representantes do Conselho Superior (3); representantes indicados pelo Sindicato dos Trabalhadores em Educação da UFJF – Sintufejuf (2); representante indicado pelo Diretório Central dos Estudantes – DCE (1).
- Comissão Coordenadora: representantes da Administração Superior (5); docentes representantes das áreas de conhecimento (3); técnicos-administrativos indicados pelo Sintufejuf (2); discente indicado pelo DCE (1).