O CBR possui salas para procedimentos invasivos com o modelo animal, Centro de Tratamento Intensivo complexo, com quatro salas individuais para tratamento e demais procedimentos.
Dispõe de equipamentos para microcirurgia, RX, anestesia inalatória, medição de pressão arterial direta e indireta, capelas de fluxo laminar, sistema estereotáxico, entre outros.Todas as salas são dotadas de focos de luz e microscópios cirúrgicos, bem como de placas e caixa aquecidas para garantir o bem estar do animal durante os procedimentos cirúrgicos e na recuperação pós-cirúrgica.