O PROFMAT possui Exame Nacional de Qualificação (ENQ) que consiste em uma única avaliação escrita, ofertada duas vezes por ano, com questões discursivas, envolvendo os conteúdos das quatro primeiras disciplinas obrigatórias e elaborado pela Comissão Nacional de Avaliação dos Discentes. As provas do ENQ são digitalmente despersonalizadas e corrigidas no módulo de correção online da plataforma de informática do PROFMAT.