A FACMED possui os seguintes departamentos:
Chefe: José Antônio Chehuen Neto
Contato: 2102-3849, depto.cir@ufjf.edu.br
Secretária – Beatriz
Chefe – Diane Michela Nery Henrique
Contato: 2102-3829, depto.cme@ufjf.edu.br
Secretários – Célia e Daniel
Presidente da COE/ Chefe de departamento – Arise Garcia de Siqueira Galil
Contato: 2102-6842, comissao.estagiosmedicina@ufjf.edu.br, depto.internato@ufjf.edu.br
Secretária – Rosilene/Gisele
Chefe – Teresa Cristina Esteves
Contato: 2102-3898, depto.mai@ufjf.edu.br
Secretários – Márcia e Wilson
Chefe: Thais Andrade Almeida
Contato: 2102-3847, depto.pat@ufjf.edu.br
Secretária: Michele
Chefe – Silvia Lanziotti Azevedo da Silva
Contato: 2102-3842, depto.sco@ufjf.edu.br
Secretária – Gisele
Chefe: Leonardo Lara e Lanna
Coordenador – Áureo de Almeida Delgado
Contato: 2102-3270