A excelência do ensino oferecido pelo Colégio de Aplicação João XXIII foi confirmada com a divulgação do Índice de Desenvolvimento da Educação Básica, Ideb. A avaliação do ano de 2009 mostra um índice de aproveitamento de 6,5 para os alunos do sexto ao nono ano e 7,5 de aproveitamento para ao alunos da primeira `a quinta séries, superando a média do Estado que ficou com 5,6. Foram avaliadas mais de 40 mil instituições de ensino em todo o Brasil.
O índice de desenvolvimento da educação básica, Ideb, de 2009 foi divulgado no dia 1º de julho pelo Instituto Nacional de Estudos e Pesquisas Educacionais Anísio Teixeira (Inep). A pesquisa avaliou cerca de 3 500 instituições de ensino no país, entre públicas e privadas.
Criado em 2007, o Ideb avalia a aprovação e média de desempenho dos estudantes em Língua Portuguesa e Matemática. O indicador é calculado a partir dos dados sobre aprovação obtidos no censo escolar, o quantitativo de evasão escolar e reprovação, e as médias de desempenho nas avaliações do Sistema Nacional de Avaliação da Educação Básica, Saeb, e na Prova Brasil. A próxima avaliação será feita em 2011.