A Intecoop UFJF, no intuito de atender às diversas demandas existentes nos empreendimentos assessorados, organiza-se em núcleos, cada um com uma função específica, a fim ofertar uma maior celeridade e assertividade na resolução das demandas cotidianas. Contando com o trabalho de bolsistas cuja graduação vincula-se com as funções desempenhadas pelo seu respectivo núcleo. Sendo eles:
Núcleo de Formação: Articulação interna com a UFJF e seus professores, técnicos administrativos e discentes. Externamente, viabiliza o intercâmbio de conhecimento com movimentos sociais, instituições e poder público, para fortalecimento das propostas auto gestionárias; Além de produzir material formativo em economia popular solidária e correlatos a depender da necessidade do empreendimento, promove também palestras, rodas de conversas e encontros com grupos destinados à formação nos princípios solidários.
Núcleo de Comunicação: Elabora todo o trabalho de campo, através de captação de registros fotográficos e vídeos de eventos relacionados ao Programa e/ou grupos incubados; Além de produzir de material e identidade visual para o Programa e/ou grupos incubados, assim como material de divulgação digital gerenciamento das mídias e demais meios de comunicação.
Núcleo Jurídico: Auxilia aos grupos nos processos legais e também na constituição de cooperativas, associações e afins; Produzindo conteúdo informativo sobre questões jurídicas e economia popular solidária para produção de troca de saberes e eventos formativos. Além de sempre observar o cumprimento de regimentos e demais acordos visando a legalização do movimento.
Núcleo de Gestão: Auxilia no processo de organização do trabalho produtivo dos grupos; Elaborando planos de negócios voltados para cooperativismo e associativismo em conjunto com os grupos plano de negócios voltados para estes segmentos; Gerenciando os encontros formativos sobre contabilidade e administração na economia popular solidária.