A coleção de Protozoários de vida livre, mutualistas e parasitos destina-se ao acondicionamento e preservação de protozoários ciliados (livre, mutualistas e parasitos) e de protozoários hemoparasitos de animais silvestres (anuros, répteis, aves e mamíferos). A coleção possui cunho científico, bem como na promoção da divulgação científica. A coleção é composta por: (i) lâminas permanentes de protozoários ciliados impregnados por técnicas de prata (500lâminas) e de hemoparasitos em esfregaços sanguíneos fixados e corados provenientes de diferentes animais silvestres (6000lâminas); (ii) banco digital de imagens desses microrganismos (in vivo, impregnados/corados, microscopia eletrônica de varredura); e (iii) banco de DNA, com mais de 2000 amostras de DNA acondicionado em freezer. Embora sem indexação em plataforma digitais, a coleção é uma das poucas coleções de protozoários ciliados e hemoparasitos de animais silvestres da América Latina, tendo enorme potencial de preservação dessa importante e ainda desconhecida parcela da biodiversidade neotropical.