O Museu de Malacologia se destina à contínua formação e preservação de um acervo que retrate a biodiversidade da malacofauna do Brasil. O acervo constitui um patrimônio universal, servindo como referência nacional e internacional no estudo de moluscos. A existência desse acervo permite a realização de pesquisas, formação de recursos humanos e atendimento ao público por meio da realização de projetos de extensão e popularização da ciência. Nesse sentido, a coleção malacológica do Museu atende a todas as funções atribuídas às coleções biológicas: guarda, conservação, estudo e difusão do conhecimento.
Localizado no bloco C14 do ICB, o Museu de Malacologia possui, atualmente, quase 12 mil lotes de espécimes, com um número variável de amostras. O acervo apresenta uma ampla representatividade geográfica, incluindo espécies de todos os continentes. Apresenta, ainda, importante representatividade histórica, uma vez que parte significativa da coleção malacológica foi constituída a partir da doação de espécimes por cientistas da área de malacologia, de diversos países, desde a década de 1950. O espaço inclui ainda um importante acervo bibliográfico e histórico que representa a história do próprio Museu, de seu fundador, Prof. Maury Pinto de Oliveira, bem como da malacologia brasileira; e amostras de tecido voucher de estudos de biologia molecular.