A Faculdade de Arquitetura e urbanismo da UFJF tem em sua estrutura organizacional dois departamentos, que são:
Os departamentos são a menor célula administrativa da universidade. Eles são em sua maior parte responsáveis pela lotação dos docentes e disciplinas dos mais variados cursos.
Na FAU, ambos os departamentos possuem disciplinas de projeto de arquitetura e urbanismo, além das disciplinas das especialidades e especificidades da formação de arquitetos e urbanistas bem como que se relacionam a esta área de formação em cursos da engenharia.