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O curso de graduação em Fisioterapia tem como objetivo a formação de profissionais generalistas, capacitados para atuar nos três níveis de níveis de atenção à saúde, exercendo ações de recuperação, promoção e proteção das condições cinético-funcionais, assim como prevenção das suas alterações. A Faculdade de Fisioterapia oferece anualmente 40 vagas para o Curso de Fisioterapia do campus de Juiz de Fora, com entrada semestral e duração de cinco anos ou dez períodos letivos, com carga horária total de 4.130 horas. Durante a graduação o aluno poderá ter a experiência de participar de programas de monitoria, de projetos de extensão e pesquisa, além do PET (Programa de Educação Tutorial) e de se matricular em outras disciplinas da UFJF, de acordo com as regras do regimento acadêmico.
Além do curso de Graduação, a Faculdade de Fisioterapia oferece também o curso de Pós-Graduação em Fisioterapia Cardiorrespiratória (Lato Sensu) e o programa de Pós-Graduação em Ciências da Reabilitação e Desempenho Físico e Funcional (Stricto Sensu) e eventos destinados a sua comunidade interna, bem como aos profissionais da cidade e região.
A Faculdade de Fisioterapia mantém parceria com o Hospital Universitário (Unidades Santa Catarina e CAS), com a Prefeitura Municipal de Juiz de Fora, com o Hospital João Penido (FHEMIG), além de outras unidades acadêmicas e assistenciais. Seu corpo docente atua também em dois Programas de Residência Multiprofissional da UFJF – Residência Multiprofissional em Saúde do Adulto com Ênfase nas Doenças Crônicas Degenerativas e Residência Integrada Multiprofissional em Atenção Hospitalar, onde são oferecidas anualmente duas vagas para fisioterapeutas em cada um destes programas.